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关于查找晶体晶体结构的方法
篇一:mercury晶体软件下载
关于查找晶体晶体结构的方法
1. 剑桥晶体数据库网https://summary.ccdc.cam.ac.uk/structure-summary-form
第二部分:打开cif文件
用Mercury 3.6 直接打开这个文件。
下载之后是个exe文件,直接点击安装就可以了,好像没有什么其他困难的事情。 安装好了之后打开,直接用file底下的open找到你想打开的cif文件就可以了 这个时候你会看到
在calculate底下会有一个powder pattern的选项
这样就可以看到cif生成的XRD的模拟图,可以保存成xye文件。
直接用origin打开xye文件就可以了。
注意注意!!!!!!
不要存成什么raw文件,我就是这样被折腾了好久。原先以为jade软件很常用,但是我之前也没用过,折腾半天下了软件以后怎么搞也打不开raw文件。最终机智采用xye文件成功问题。根本不需要再用jade。
在此非常感谢强大的小木虫上面的牛人。
照着这个截图我完成了我人生中第一次cif文件的打开及画图。 唯一不清楚的就是,为什么导出来的数据有三列。 搞不清楚底下的一列是什么???基准线吗????
画晶体图的心得
篇二:mercury晶体软件下载
关于画晶体结构图相关软件的使专心得
看到坛子里经常有人求助画晶体结构的软件及相关的使用说明,通过自己的学习过程写一些心得和大家一起交流。一般在拿到晶体数据时,我们利用其中的cif文件画图,主要利用的软件有:shelx,mercury,diamond这三种,以下我来分别介绍一下自己的使专心得:
1.shelx的使用,这个软件是大家最为常用的,因为它即可解晶体又可画图,这个软件的使用需要记住相应的命令,早期要在dos下,现在的在xp下使用已经较方便了。先总结一下相关的基本命令:
read xxx(cif 的文件名) fmol
kill $h(若想图看起来清楚,可以不画h原子时用这个命令)
proj
这时看到的是基本的配位环境图
若不需要的原子就可用kill删去,
若配位环境还达不到你想要说明的可以利用grow命令 matr1 pack
这时看到的是从a方向的晶胞堆积图,不但可以看到各个原子的配位情况,若有氢键作用,也可以看到;matr2,3是分别从b,c方向,这时就看你的选择是要从什么角度说明了,当然在matr的命令后,我们看到的图可以通过左手方向的旋转按钮来选择其他的角度,只要能说明问题就好。
esc后
telp 0-30(数字的选择是在画ortep是的比例一般是30或50;若不输入数字,系统会有自动的默认,若想画带有晶胞的图用telp cell 命令) 接下往返让你起个name, 什么都好,比如:1
draw 1(此时画的就是a方向看的堆积图)
接下来就是标记各原子的名字(若不想标记在telp命令前加labl0命令)
然后问你要画的图存成什么格式,多是选择h
再来就是是问你画彩图还是黑白图
然后问你选择的纸张大小
以上就是shelx的基本命令了,还有一些复杂的大家可以参看陈小明等编写的《单晶衍射分析》这本书。
利用这个软件的好处在与它同时可以解晶体,当数据有些不合理的地方可以在重新解;我觉得最便利的是这个软件在表达氢键作用时非常好,所以我经常利用它画含氢键作用的结构图。现在一些好的杂志发表的图,利用这个软件画图的很多,多集中表达是画配位环境的ORTEP图。还有一些是表达pi-pi作用的结构图。
2.dimond的画图使专心得,这个软件不用说,大家也知道画出来的图那是相当的漂亮,所以我们看到那些杂志发得漂亮的图多是用diamond完成的。它的功能很齐全,可以画图,计算距离,扭转角等等,但这个软件在初学时给人的感觉是无从下手,不要紧慢慢琢磨后,发现这个软件是这三种画图软件中,个人认为最好的。它的基本步骤:
选择一个cif文件利用diamond打开
接下来是diamond程序自带的画图帮助窗口,一直 “下一步”到问你是画单独的配位图,还是晶胞堆积图等几种选择,根据自己的要求,点“完成” 然后,出现的图美观程度达不到我们要求的,这时就是精细修改的过程,diamond中都有相关的命令,若是发文章要画的图,diamond还可以设置分辨率,底色,输出图的格式。在画孔洞方面的图时,可以加入假原子,改变假原子大小,来表达孔洞的大小;对于具有螺旋结构的物质,还可以画出螺旋轴;非凡是在讨论拓扑结构时,利用这个软件过滤掉不需要的原子或加上假原子画出的拓扑结构非常漂亮。
还有更值得一提的是,它可以制作小的动画短篇,如结构的旋转图等等,我们把这些动画与ppt相结合,会是你的答辩更出色。
3. mercury的是使用,三个软件中,个人认为命令最简化的就是这个软件,但是它最大的缺点就是画出来的图的清楚度达不到有些杂志要求的,发在word文档中的感觉总是有些虚,若是作毕业论文用这个软件画图很方便,也比较好看,但是发文章的图还是用diamond好。我经常利用这个软件来看图,也就是说,当你要说明一个结构时,你得知道这个结构有什么特点,我经常利用这个软件来找出结构得特点,因为命令简单。刚打开时我们就可以看到基本得一个配位环境图,然后点几个命令就可知你得结构有没有氢键,是几维得;值得指出得是这个软件在算结构中有没有pi-pi堆积是最快的,不像shelx要记住n多的命令,所以当看到芳香环较近时,就利用这个软件看有没有pi-pi堆积吧,同时还可以计算距离,角度只需鼠标右键。坛子里有发这个软
件的破解版,还可以搜索看到别人收录在ccdc的晶体数据,真的是很方便。所以我经常用这个软件来了解结构的特点,用diamond画图。
另外,值得指出的是diamond和mercury都可以模拟XRD衍射,不过后者模拟出来的更好看些,前者模拟的图形样式可以根据设置改,后者却不能。还有就是这两个软件都有自己的默认键长,在配位化学领域存在着一些不完全配位,在这两个软件中会以实线表达,这和配位键是一样的,若大家想用虚线表达不完全配位,在diamond里是可以办得到的;而shelx在不完全配位方式的表达是没有任何连线的,会让我们误解没有配位,所以在观察一个结构时最好用shelx和mercury相结合来找出配位特点。
总之,我们在画图时或观察结构特点时这三个软件相结合,因为各有各的特点,在加上我们自己要多努力琢磨,我们一样可以画出漂亮的图,自己的文笔不太好,大家见谅。
Mercury系统指令集
篇三:mercury晶体软件下载
Mercury系统指令集
版本 1.0k, 2002年9月2日
作者:吴亦瓯
目录
I. 综述 __________________________________________________________________ 4 a) 基本格式 __________________________________________________________________ 4 b) 公用键 ____________________________________________________________________ 4
1) 发送必选键______________________________________________________________________ 4
2) 返回必选键______________________________________________________________________ 4
3) 可选键 _________________________________________________________________________ 5 II. 指令集详述 __________________________________________________________ 6 a) 初始化 ____________________________________________________________________ 6
1) ClientReg _______________________________________________________________________ 6
2) ClientUnReg _____________________________________________________________________ 6
3) ClientConnect ____________________________________________________________________ 7
4) ClientDisconnect __________________________________________________________________ 7 b) 查询静态信息 ______________________________________________________________ 7
5) QueryGKDB _____________________________________________________________________ 7
6) GetSysInfo ______________________________________________________________________ 8
7) QueryAdapter ____________________________________________________________________ 8mercury晶体软件下载。
8) QueryDataWin ___________________________________________________________________ 9
9) QueryHistoryData ________________________________________________________________ 10
10) QueryUserAuth ________________________________________________________________ 12
11) QueryUserDeviceAuth __________________________________________________________ 12
12) QueryUserHostGroupAuth _______________________________________________________ 13
13) QueryDevCompatible ___________________________________________________________ 13
14) QueryHostGroup _______________________________________________________________ 17
15) QueryHubInfo _________________________________________________________________ 17mercury晶体软件下载。
16) TrapDataWin __________________________________________________________________ 18
17) ComplexQueryPosition __________________________________________________________ 18 c) 向设备发送指令 ___________________________________________________________ 19
18) RequestPosition _______________________________________________________________ 19
19) CancelPosition ________________________________________________________________ 20
20) SendControl __________________________________________________________________ 21
21) SendMessage _________________________________________________________________ 31
22) SendRawMessage ______________________________________________________________ 34 d) 查询指令执行状态 _________________________________________________________ 35
23) KeepAlive ____________________________________________________________________ 35
24) GetSessionStatus _______________________________________________________________ 35
25) GetDevStatus _________________________________________________________________ 35 e) 设备回应指令 _____________________________________________________________ 36
26) SystemReport _________________________________________________________________ 36
27) PositionResponse ______________________________________________________________ 37
28) Alarming _____________________________________________________________________ 44
29)
30)
31) MessageArrive ________________________________________________________________ 45 DevConfirm __________________________________________________________________ 48 RawMessageArrive _____________________________________________________________ 48 f) 客户端对系统通知指令 _____________________________________________________ 48
32) AlarmConfirm _________________________________________________________________ 48 g) 系统维护指令 _____________________________________________________________ 49
33) GetDebugInfo _________________________________________________________________ 49
34) ResetMCCL __________________________________________________________________ 49
35) SetAdapterConn _______________________________________________________________ 50 h) Apollo指令 _______________________________________________________________ 50
36) AQueryHost __________________________________________________________________ 50
37) AQueryDevice ________________________________________________________________ 50
38) AQueryPosition _______________________________________________________________ 51
I. 综述
本指令集用于定义Mercury服务器向客户端返回数据的格式。
a) 基本格式
本指令集采用格式化字符串和结束符组成。
指令名,参数名大小写敏感。
每条指令结束,必须有结束符。结束符为:##
字符串中由“键-值对”和分隔符组成。
“键-值对”格式如下:
Key:=Value
其中,Key为任意键名,应符合.net变量名规则。Value为字符串,可以包括字母和字符,但不可以包括 | , ; ,因为这些字符是本指令集的分隔符。键和值之间,用“:=”连接。
分隔符有4级。分别为:&& | , ;
&&用来分割“键-值对”。
| , ; 作为值中的分割符,可用于表示比较复杂的值。
Value的空值为空字符串:“”。(注意:构造指令字符串时,不要加上双引号,一般来讲,等号后为空。)
b) 公用键
以下键因为使用的指令较多,在此集中说明。
1) 发送必选键
所有指令,都应该包含以下键:
? ActID
本指令的指令代码。
? CID
发出本指令的客户端代码。
? SID
本指令的流水号。除了ClientReg外,所有指令都应该由客户端指定SID.
2) 返回必选键
ActID: 对应发送指令的ActID。
SID: 用于与发送指令对应。
Successed: T|F,表示指令是否成功执行。
ErrCode: 如果未成功,错误代码。
ErrDesc: 如果未成功,错误的描述。mercury晶体软件下载。
3) 可选键
? SIM
接受指令的通信设备ID。可为空。
? HostName
接受指令的通信设备的宿主名(例如车牌号)。当SIM为空时,此参数有效,否则以SIM为准。 ? RValue
发送端期望原封不动返回的值。可用于对指令的判别处理。
说明:如无特殊说明在所有需要给出SIM的指令,都可以替代性的给出HostName。但这些指令中,不应二者都不给出。
单晶结构解析讲义完美版
篇四:mercury晶体软件下载
晶体结构解析
1. Shelxtl 使用流程
※ 解析原始文件有hkl文件(或raw文件),包含衍射数据;p4p文件,包含晶胞参数 ※ 为一个晶体的数据建立project,该项目下所有文件具有相同的文件名;一旦在XPREP
中发生hkl文件的矩阵转换,则需要输出新文件名的hkl等文件,因此要建立新的project。 ※ 首先运行XPREP,寻找晶体的空间群
※ 然后运行XS,根据XPREP设定的空间群,寻找结构初解
※ 在Xshell中观察初解是否合理,如不合理,需重回XPREP中设定其他的空间群
2. Xshell 使用流程
※ 找出重原子或者确定性大的原子
※ 找出其余非氢原子
※ 精修原子坐标
※ 精修各项异性参数
※ 找到氢原子(理论加氢或差值傅里叶图加氢)
※ 反复精修,直到wR2等指标收敛。最后的R1<0.06(0.08) wR2<0.16(0.18)
※ 通过HTAB指令寻找氢键,判定氢的位置是否合理,并且将相关氢键信息通过HTAB和
EQIV指令写进ins文件中
※ 将原子排序(sort)
3. cif 文件生成和检测错误流程
bond $H
conf
acta ※ 在步骤1、2完成后,在ins文件中加入以下三条命令
※ 此时生成了cif和fcf文件,将cif文件拷贝到planton所在文件夹中检测错误,也可
以通过如下在线检测网址:
※ 根据错误提示信息,修改或重新精修,将A、B类错误务必全部消灭,C类错误尽量消灭。
4. Acta E 投稿准备流程
投稿前,请务必切实做好如下工作:
※ 按步骤1、2、3解析晶体并生成相应cif和fcf文件。
※ 准备结构式图(Chemical structural diagram)、分子椭球图(Molecular ellipsoid diagram)和晶
胞堆积图(Packing diagram),最好是pdf格式。
※ 按要求撰写文章的文字部分,填写cif中相应段落,注意格式要求!
_publ_section_title 题目
_publ_section_abstract 摘要
_publ_section_related_literature 相关文献
_publ_section_comment 评论
_publ_section_exptl_prep 制备方法
_publ_section_exptl_refinement 精修说明
_publ_section_references 参考文献
_publ_section_figure_captions 插图说明
_publ_section_table_legends 表格说明
_publ_section_acknowledgements 致谢
※ 将cif中需要填写的其他部分(在cif的标准空白样本中以!标注)全部完成,并再次
检查整个cif文件格式和内容。
1
参考书目
? O723/0301
陈小明,蔡继文, 科学出版社 2003
2007年第2版 O723/10001
? O711/8401
(美)(G.Burns),(A.M.Galzer) 高等教育出版社 1981
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(英)(R.C.Evans), 人民教育出版社1980
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钱逸泰,中国科学技术大学出版社 2005
? O723/9201
周公度, 高等教育出版社 1992
? O434.1/8901
(英)(Bragg,W.L.), 科学出版社 1988
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刘粤惠,刘平安, 化学出版社 2003
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张克从,张乐惠, 科学出版社 1981
? O631.1/0402
(法)Jean-Marie Lehn, 北京大学出版社 2002
2
应用软件
Shelxtl V6.10, Bruker 2000
晶体解析、分析、作图的首选软件
Platon V1.15, A.L.Spek, Utrecht University, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands 2008
Cif文件查错、解析结构全面解析的软件,下载及更新地址: Mercury V1.4.2, CCDC 2007
晶体结构分析、作图辅助软件下载及更新地址 enCIFer V 1.2, CCDC 2005
cif 填写、检查格式软件
publCIF v 1.9.2, IUCr 2008
cif 填写、检查格式、预览软件
Acrobat V6.0 standard version, Adobe 2003
其中Distiller工具能将Shelxtl产生的ps格式转换成常见格式图像的功能
Chem Office Ultra V 8.0, Cambridge Soft 2003
其中Chem Draw可用于分子结构式图Scheme的制作
3
相关机构网址
在线检测Cif文件的地址:
IUCr:International Union of Crystallography 国际晶体学联合会
IUCr:Acta Crystallography Section A-E
(国际晶体学联合会主办的晶体学报 A-E)
Section C : Crystal Structure Communications Section E : Structure Report Online
其中Section E : Structure Report Online的投稿指南地址CCDC:The Cambridge Crystallographic Data Centre
剑桥晶体数据中心 4